대장내시경 검사시 발견즉시 제거하게 됩니다. 작은 용종은 겸자로 조직을 태우거나 뜯 어서 쉽게 제거를 할 수 있고, 용종이 5mm 이상으로 비교적 크지만 목이 잘 형성 되어 있는 유경 성 용종의 경우 내시경용 올가미를 이용한 올가미절제술(Snare polypectomy)로 용종을 완전히 절제할 수 있습니다. 그러나 용종이 5mm 이상이고 목이 없는 무경성용종의 경우 간 단한 올가미절제술로는 제거하기가 어려워 점막절제술이라는 기법으로 용종을 제거합니다.

대장내시경은 주기적인 검사를 해야하며 대장용종절제 후에는 반드시 추적 대장내시경이 필요합니다. 검사 간격은 용종 유무에 따라 달라지는데 검사 시 이상이 없었다면 5년 후에 다시 대장내시경을 받으시면 되지만, 선종을 절제한 경우라면 3년 후 반드시 추적 대장내시 경 검사를 받으셔야 합니다.
그 외 고위험군의 경우엔 1년 후 추적 대장내시경 검사를 받도록 하고 있습니다.

대개 용종절제술 후 출혈과 천공이 가장 문제가 됩니다.
시술 중 일어나는 출혈은 즉시 처리를 할 수 있기 때문에 문제가 되지 않습니다. 시술 후 시 간이 지나 일어나는 지연성 출혈은 저절로 멈추기도 하지만, 출혈이 지속되면 대장내시경을 다시 시행하여 지혈해야 합니다. 용종절제술 후 천공은 대개 시술 중 클립봉합으로 해결하지 만, 천공부위가 커서 클립봉합이 어려운 경우에는 수술로 천공부위를 봉합할 수 있습니다. 따라서, 대장 용종절제술의 경우 반드시 경험 많고 잘하는 의사를 찾아가야만 합니다.